药厂洁净室和其他工业洁净室的不同之处在于不仅依靠空气过滤的方法，使送入室内的空气中的生物或非生物的微粒数量收到严格控制；同时还要对室内器具、地面、壁板等表面进行消毒灭菌处理。为此，生物洁净室除了满足一般室要求外，其内部材料还要能经受得起各种灭菌剂的侵蚀。

通过高效过滤器过滤的空气可视为无菌空气。但过滤仅仅是一种除菌手段，并没有杀菌作用，由于室内有人员、物料等污染源存在，洁净室内只要有微生物所需要的营养源存在的地方，就有可能存在微生物的生存、繁殖。因此，生物洁净室设计决不可忽视消毒灭菌措施。